Cuando Zubiri falleció en 1983 solamente se conocía una pequeña parte de su obra, representada por títulos como Naturaleza, historia, Dios o Sobre la esencia. En los últimos años de su vida, Zubiri había publicado, además, la trilogía sobre la Inteligencia sentiente. La mayor parte de su reflexión filosófica permanecía inédita, por lo general en forma de cursos, revisados por el propio Zubiri. La Fundación Xavier Zubiri ha ido publicando los cursos de Zubiri, y otros textos dispersos del filósofo, dando lugar a la siguiente colección.
- Primeros escritos (1921-1926). Recoge escritos juveniles de Zubiri, incluyendo sus tesis de licenciatura y de doctorado. El libro fue publicado en Alianza Editorial en el año 2000.
- Cursos universitarios, vol. I. Impartidos en los años 1931-1932. Publicados en Alianza Editorial en el año 2007.
- Cursos Universitarios, vol. II. Impartidos en los años 1932-1934. Publicados en Alianza editorial en el año 2010.
- Cursos Universitarios, vol. III. Impartidos en los años 1933-1934. Publicados en Alianza Editorial en el año 2012.
- Cursos Universitarios, vol. IV, . Impartidos en los años 1934-1935. Publicados en Alianza Editorial en el año 2014.
- Sobre el problema de la filosofía y otros escritos (1932-1944). Un ensayo de Zubiri sobre la historia de la filosofía, junto con otros textos correspondientes e las fechas indicadas en el título. Publicado en el año 2002 en Alianza Editorial. El texto «Sobre el problema de la filosofía» había sido publicado en el año 1996 en forma de fascículo por la propia Fundación Xavier Zubiri.
- Introducción a la filosofía de los griegos. Se trata de un curso impartido por Zubiri en los años 1941-1943. Fue publicado en Alianza Editorial en el año 2018.
- Naturaleza, Historia, Dios. La primera edición es del año 1944. Tuvo diversas ediciones en vida de Zubiri, en las que se fueron añadiendo otros textos. El libro se ha incorporado, en forma de una edición revisada y completa, en la colección de las obras de Zubiri en Alianza Editorial.
- Escritos menores (1953-1983). La primera edición en Alianza Editorial es del año 2007.
- Sobre el hombre. Recoge escritos de distintas fechas. Algunos corresponden a los cursos de Zubiri de los años cincuenta. El libro fue publicado por vez primera en Alianza Editorial en 1986.
- Acerca del mundo. Es un curso de Zubiri impartido en el año 1960. Fue publicado en Alianza editorial en el año 2010.
- Sobre el sentimiento y la volición. Recoge varios cursos y textos de Zubiri de los años 1961, 1964 y 1975. Fue publicado en Alianza Editorial en el año 1992.
- Sobre la esencia. La primera edición es del año 1962, y tuvo varias ediciones, tanto en vida de Zubiri como póstumamente. La edición actual en Alianza Editorial corrige exhaustivamente todas las erratas detectadas y recoge las anotaciones a mano que el propio Zubiri hizo a su ejemplar.
- Cinco lecciones de filosofía. Con un nuevo curso inédito (2009, a cargo de Antonio Pintor Ramos). El libro fue publicado originalmente en el año 1963. A la edición actual se añade un curso inédito del año 1970, sobre «El problema de lo real en la filosofía moderna». El libro con ambos cursos se publicó en Alianza Editorial en el año 2009. El texto de las cinco lecciones también está disponible en la colección «Libro de Bolsillo» de Alianza editorial.
- Sobre la religión. Recoge tres cursos de Zubiri de los años 1965 y 1968. El libro fue publicado en Alianza Editorial en el año 2017. Como edición crítica y completa de los mencionados cursos sustituye a una edición anterior, titulada «El problema filosófico de la historia de las religiones».
- Sobre la realidad. Recoge un curso de Zubiri del año 1966. El libro fue publicado en Alianza Editorial en el año 2001.
- El hombre: lo real y lo irreal. Recoge un curso de Zubiri del año 1967. Fue publicado en Alianza Editorial en el año 2005.
- Reflexiones filosóficas sobre algunos problemas de teología (2019, a cargo de Esteban Vargas y Eugenia Colomer). Recoge un curso de Zubiri del año 1967, y un extenso texto sobre la «Evolución del dogma», de la misma época. Publicado por Alianza Editorial en el año 2019.
- El hombre y la verdad. Recoge un curso de Zubiri del año 1968. El libro fue publicado en Alianza Editorial en el año 1999.
- Estructura dinámica de la realidad. Recoge un curso de Zubiri del año 1968. El libro fue publicado en Alianza Editorial en 1989.
- Estructura de la metafísica. Recoge un cuso de Zubiri del año 1969. El libro fue publicado por Alianza Editorial en el año 2016.
- Los problemas fundamentales de la Metafísica occidental. Recoge un curso de Zubiri del año 1970. El libro fue publicado en Alianza Editorial en el año 1994.
- Espacio. Tiempo. Materia. Recoge varios cursos y textos de los años 1970 y 1973. Fue publicado en Alianza Editorial en 1996, y una segunda edición revisada es del año 2008.
- El problema teologal del hombre: Dios, religión, cristianismo. Recoge el curso íntegro de Zubiri del año 1971. Fue publicado en Alianza Editorial en el año 2015, incluyendo un breve artículo de Zubiri sobre la eucaristía. Como edición crítica sustituye a la edición anterior, titulada «El problema teologal del hombre: cristianismo», en la que solamente se recogía una parte del curso.
- Tres dimensiones del ser humano: individual, social, histórica. Recoge un curso de Zubiri del año 1974, y su elaboración parcial posterior por el mismo Zubiri. Fue publicado en Alianza Editorial en el año 2006.
- Inteligencia sentiente. Inteligencia y realidad. Publicado por Zubiri en Alianza Editorial en el año 1980. Es la primera parte de la trilogía sobre la inteligencia sentiente.
- Inteligencia y logos. Publicado por Zubiri en Alianza Editorial en el año 1982. Es la segunda parte de la trilogía sobre la inteligencia sentiente.
- Inteligencia y razón. Publicado por Zubiri en Alianza Editorial en el año 1983. Es la tercera y última parte de la trilogía sobre la inteligencia sentiente.
- El hombre y Dios. Es el libro en el que Zubiri trabajaba cuando falleció en 1983. La primera edición del año 1984 ha sido sustituida por una edición crítica en el año 2013.