Se presenta a continuación la lista de los libros publicados por Zubiri, tanto durante su vida como de forma póstuma.
Los libros publicados de Zubiri:
- Naturaleza, Historia, Dios (1944)
- Sobre la esencia (1ª ed. 1962 en Soc.E y P; 6ª edición ya en Alianza, 1998)
- Cinco lecciones de filosofía (1ª ed., 1963 en Soc.E y P; 1ª reimpresión en Alianza, 1997);
- Inteligencia sentiente. *Inteligencia y realidad (Soc.E y P, 1980; 50 ed. Alianza/F.XZ.);
- Inteligencia y logos (Soc.E y P/Alianza, 1982)
- Inteligencia y razón (Soc.E y P/Alianza, 1983)
- El hombre y Dios (Nueva Edición de Esteban Vargas en 2013 que sustituye a la primera edición de Ignacio Ellacuría, 1984).
- Sobre el hombre (1ª ed a cargo de Ignacio Ellacuría 1986)
- Estructura dinámica de la realidad (1989, ed. a cargo de Diego Gracia)
- Sobre el sentimiento y la volición (1992, ed. a cargo de Diego Gracia)
- Los problemas fundamentales de la Metafísica occidental (1994, a cargo de Antonio Pintor Ramos)
- Fascículo editado por la propia Fundación: Sobre el problema de la filosofía (Madrid, 1996)
- Espacio. Tiempo. Materia (1996, Segunda edición revisada 2008)
- El hombre y la verdad (1999, a cargo de Juan Antonio Nicolás)
- Primeros escritos (1921-1926), ed de 2000, por Antonio Pintor Ramos
- Sobre la realidad (2001, a cargo de José Antonio Martínez)
- Sobre el problema de la filosofía y otros escritos (1932-1944), 1ª ed. de 2002, a cargo de Germán Marquínez Argote
- El hombre: lo real y lo irreal (1ª ed. 2005, a cargo de Jesús Conill)
- Tres dimensiones del ser humano: individual, social, histórica (1ª ed 2006, a cargo de Jordi Corominas)
- Escritos menores (1953-1983) (1ª ed de 2007, a cargo de Germán Marquínez Argote)
- Cursos universitarios I (1ª ed. 2007, a cargo de Manuel Mazón)
- Cinco lecciones de filosofía. Con un nuevo curso inédito (2009, a cargo de Antonio Pintor Ramos)
- Cursos Universitarios, vol. II (2010 a cargo de Manuel Mazón)
- Acerca del mundo (2010, a cargo de Antonio González)
- Cursos Universitarios. Volumen III (1933-1934). 2012. A cargo de Manuel Mazón,
- Cursos Universitarios. Volumen IV, 2014. A cargo de Manuel Mazón.
- El problema teologal del hombre: Dios, religión, cristianismo. A cargo de Antonio González y Esteban Vargas. 2015.
- Estructura de la metafísica. (2016, a cargo de Esteban Vargas).
- Sobre la religión (2017, a cargo de Antonio González y Esteban Vargas).