La FXZ se caracteriza por generar actividades de alta investigación académica. En ella se producen investigaciones innovadoras, tanto en la reinterpretación del pensamiento de Zubiri, como en la generación de pensamiento original. La actividad más importante es nuestro Seminario de Investigación Xavier Zubiri, creado por el propio Zubiri en el año 1971, en el marco de la Sociedad de Estudios y Publicaciones. Esta Sociedad había sido fundada por Juan Lladó en 1947 como un recinto de libertad intelectual. Aquí hay una lista de las actividades investigativas actuales:
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