Desde 1989 se han publicado alrededor de 30 libros del propio Xavier Zubiri. Dichas obras, con el fin de asegurar una amplia difusión nacional e internacional han sido co-editadas entre Alianza Editorial (Madrid) y la FXZ. Además, la Fundación ha prestado apoyo a las traducciones de las obras al inglés, francés, italiano, portugués y ruso. En este momento, la colección de Alianza Editorial cuenta con 30 títulos definitivos de Zubiri. Ordenados cronológicamente (no según su fecha de pubicación), son los siguientes:
- Primeros escritos (1921-1926).
- Cursos Universitarios I.
- Cursos Universitarios II.
- Cursos Universitarios III.
- Cursos Universitarios IV.
- Sobre el problema de la filosofía y otros escritos (1932-1944).
- Introducción a la filosofía de los griegos
- Naturaleza, Historia, Dios.
- Ciencia y realidad (1945-1946).
- Filosofía primera, vol. I (1952-1953).
- Filosofía primera, vol. II (1952-1953).
- Filosofía primera, vol. III (1952-1953).
- Escritos menores (1953-1963).
- Acerca del mundo.
- Sobre el sentimiento y la volición.
- Sobre la esencia.
- Cinco lecciones de filosofía. Con un nuevo curso inédito.
- Sobre la religión.
- Sobre la realidad.
- El hombre: lo real y lo irreal.
- El hombre y la verdad.
- Reflexiones filosóficas sobre algunos problemas de teología
- Estructura dinámica de la realidad.
- Estructura de la metafísica
- Los problemas fundamentales de la metafísica occidental.
- Espacio, tiempo, materia.
- El problema teologal del hombre: Dios, religión, cristianismo.
- Tres dimensiones del ser humano: individual, social, e histórica.
- Inteligencia sentiente. Inteligencia y realidad.
- Inteligencia y logos.
- Inteligencia y razón.
- El hombre y Dios.
Nota: La publicación de Sobre la religión sustituye al antiguo libro titulado El problema filosófico de la historia de las religiones, que queda obsoleto. Del mismo modo, el libro El problema teologal del hombre: cristianismo fue sustituido por El problema teologal del hombre: Dios, religión, cristianismo. La nueva edición de Espacio, Tiempo, Materia sustituye también a la antigua. En un caso más se producirá una sustitución: se trata del libro Sobre el hombre, que quedará obsoleto cuando sus contenidos sean publicados en su contexto original, en forma de cursos. Mientras tanto, es un texto perfectamente válido de la colección de las obras de Zubiri. Si en la lista se incluyera este texto «obsolescente», la colección de las obras de Zubiri quedaría integrada por 33 volúmenes.
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