El Seminario de Análisis de Textos se creó en octubre de 1994 debido a la enorme demanda que tenía el Seminario de Investigación. Esto dio lugar a dos metodologías de trabajo distintas. Mientras que en el Seminario de Investigación se exponen las investigaciones de los distintos especialistas en Zubiri, el Seminario de Análisis de Textos está centrado en el estudio continuado de una obra en concreto del autor. Esta metodología, con sesiones mensuales, le confiere a este Seminario la posibilidad de centrarse más directamente en el discurso de Zubiri, y de poner a prueba la diversas interpretaciones del mismo. Por estas razones, las discusiones adquieren normalmente un nivel filosófico excepcional, porque el texto de Zubiri, en lugar de ser interpretado de una forma venerativa, es el punto de partida para una repetición de su misma experiencia filosófica, de manera que en cada sesión se abre siempre la posibilidad de nuevos hallazgos intelectuales.

El Seminario de Investigación Xavier Zubiri es una de las actividades que más enorgullece a la FXZ. Fue creado por el propio Zubiri en 1971, en el marco de la Sociedad de Estudios y Publicaciones. Esta Sociedad había sido fundada por Juan Lladó en 1947 como un recinto de libertad intelectual. Este Seminario ha desempeñado una tarea importantísima en el estudio de la obra de Zubiri. En su marco se han formado nuevos especialistas, se han propuesto diversas interpretaciones de la filosofía del autor y han surgido de ahí también filosofías originales autónomas. El Seminario reúne a académicos internacionales de diferentes disciplinas como la filosofía, las ciencias o la teología. En definitiva, es una cita obligada para los estudiosos de Zubiri en el mundo.